Od 1 kwietnia 2026 roku apteki są objęte pełnym obowiązkiem wystawiania faktur ustrukturyzowanych w Krajowym Systemie e-Faktur (KSeF). Dla wielu właścicieli aptek prowadzących apteczne punkty szczepień oznacza to istotną zmianę w codziennej pracy – i sporo pytań o to, jak dokładnie powinien wyglądać obieg dokumentów rozliczeniowych za wykonane szczepienia.
Apteczny punkt szczepień – przypomnienie podstaw
Apteki ogólnodostępne mogą wykonywać zalecane szczepienia ochronne u osób dorosłych (od 18. roku życia) na podstawie umowy zawartej z adekwatnym Oddziałem Wojewódzkim NFZ. Podstawą prawną jest zarządzenie Nr 155/2023/DGL Prezesa NFZ z dnia 31 października 2023 r. w sprawie warunków zawierania i realizacji umów na realizację zalecanych szczepień ochronnych w aptece. W całej Polsce działa już ponad 2000 aptek z podpisaną umową na szczepienia.
Koszt podania szczepionki (kwalifikacja i wykonanie) finansowany jest przez NFZ. Katalog szczepień refundowanych jest określany obwieszczeniami Ministra Zdrowia – od 1 lutego 2026 r. poszerzono go o kolejne kilka szczepień dostępnych bezpłatnie. W przypadku szczepionek zakupionych samodzielnie przez pacjenta (dopuszczonych do obrotu w Polsce) apteka rozlicza usługę z NFZ na takich samych zasadach jak przy szczepionkach dostarczonych przez Ministra Zdrowia.
Co zmienia KSeF w rozliczaniu szczepień?
Od 1 kwietnia 2026 r. apteki – jako świadczeniodawcy wykonujący odpłatne usługi na rzecz NFZ – są zobowiązane do wystawiania faktur za szczepienia wyłącznie przez Krajowy System e-Faktur. NFZ, jako podmiot prowadzący działalność gospodarczą (podatnik VAT czynny), jest stroną transakcji B2B, a zatem faktura wystawiana przez aptekę za wykonane szczepienie podlega obowiązkowi KSeF.
Jak przebiega nowy obieg dokumentów?
- Apteka wystawia fakturę ustrukturyzowaną w formacie i przesyła ją do KSeF.
- System KSeF nadaje fakturze indywidualny numer identyfikacyjny – dopiero w tym momencie faktura jest formalnie wystawiona.
- Faktura jest automatycznie przekazywana z KSeF do adekwatnego OW NFZ – nie trzeba jej już osobno przesyłać do NFZ. W celu pełnej weryfikacji należy podać numer KSeF na platformie której się rozliczamy z NFZ.
Jak sprawdzić, czy faktura dotarła do OW NFZ?
Informację o dotarciu faktury do OW NFZ można uzyskać w Portalu Świadczeniodawcy lub Portalu SZOI na podstawie numeru KSeF nadanego przez system. Warto skorzystać z opcji „Rejestracji numeru KSeF”, która przyspiesza pobranie faktury przez adekwatny Oddział.
Przed wysłaniem faktury do KSeF zaleca się jej walidację – NFZ udostępnił narzędzie sprawdzające zgodność dokumentu z wymaganiami Funduszu. Można z niego skorzystać choćby po wysłaniu, jeżeli pojawiły się informacje o błędach.
Szczepienia a refundacja leków – ważne rozróżnienie
Wielu farmaceutów zadaje pytanie: skoro refundacja leków nie wymaga faktury w KSeF, to może ze szczepieniami jest podobnie? Otóż nie – i to rozróżnienie jest kluczowe.
Refundacja leków ma charakter publicznoprawny. NFZ nie kupuje leku od apteki – pokrywa jedynie część ceny zapłaconej przez pacjenta. To pacjent jest nabywcą towaru. Dlatego rozliczenie refundacyjne nie wymaga wystawienia faktury VAT na NFZ, a tym samym nie podlega KSeF. Zasady rozliczania refundacji leków nie zmieniają się.
Szczepienia są natomiast usługą świadczoną bezpośrednio na zlecenie i na rzecz NFZ, który finansuje jej wykonanie na podstawie umowy cywilnoprawnej. Tu mamy klasyczną relację B2B – apteka (świadczeniodawca) świadczy usługę, NFZ (zamawiający) za nią płaci. To rodzi obowiązek wystawienia faktury VAT i – od 1 kwietnia 2026 r. – przeprowadzenia jej przez KSeF.
Podsumowanie
Wdrożenie KSeF zmieniło sposób dokumentowania usługi szczepień wobec NFZ, ale nie zmieniło samej logiki rozliczeniowej. Sprawozdawczość przez SZOI czy Portal Świadczeniodawcy pozostaje niezmieniona. Nowym elementem jest obowiązek wystawiania faktury wyłącznie w formacie ustrukturyzowanym przez system KSeF – bez konieczności ponownego przesyłania jej.
Kluczowe terminy i zasady w pigułce:
- Od 1 lutego 2026 – obowiązek odbioru faktur kosztowych z KSeF (m.in. od hurtowni)
- Od 1 kwietnia 2026 – obowiązek wystawiania faktur za szczepienia przez KSeF
- Faktury dla pacjentów (osoby fizyczne nieprowadzące działalności) – poza obowiązkiem KSeF
- Refundacja leków – bez zmian, nie wymaga faktury w KSeF
- Szczepienia NFZ – faktura przez KSeF, automatycznie trafia do OW NFZ
- Nie przesyłaj tej samej faktury dwoma kanałami
W razie wątpliwości warto kontaktować się bezpośrednio z adekwatnym Oddziałem Wojewódzkim NFZ lub śledzić komunikaty na stronie nfz.gov.pl w zakładce „Informacje KSeF w NFZ”.
