Od 1 lutego 2026 roku apteki czeka rewolucja w sposobie dokumentowania transakcji i faktur. Krajowy System e-Faktur (KSeF) wprowadzi nowe zasady wystawiania i odbierania faktur, które dotkną zarówno codziennej współpracy z hurtowniami, jak i rozliczeń z NFZ. Na co muszą być przygotowane apteki?
Faktury dla pacjentów – dobrowolność zamiast obowiązku
Dobra wiadomość dla aptek: faktury wystawiane na rzecz pacjentów (osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej) nie podlegają obowiązkowi wystawiania przez KSeF. Decyzja o tym, czy taką fakturę wystawić w systemie, czy w tradycyjny sposób (papierowo lub elektronicznie poza KSeF), należy wyłącznie do apteki.
W praktyce oznacza to, iż apteka może kontynuować dotychczasową praktykę wystawiania faktur dla pacjentów, bez konieczności przeprowadzania ich przez rządowy system. Wyjątek stanowią faktury uproszczone (paragony z NIP do 450 zł), które do końca 2026 roku mogą być wystawiane poza KSeF, a dopiero od stycznia 2027 roku będą musiały trafiać do systemu.
- Czytaj również: GIF: Farmaceuci – najlepsi eksperci od leków – są kluczowym elementem bezpieczeństwa lekowego
Współpraca z hurtowniami – obowiązkowy odbiór faktur od 1 lutego
Najważniejsza zmiana: od 1 lutego 2026 roku każda apteka musi być gotowa na odbiór faktur kosztowych z KSeF – niezależnie od tego, czy sama już wystawia faktury w systemie. Duże hurtownie farmaceutyczne będą obowiązkowo wystawiać faktury przez KSeF już od lutego, a pozostali dostawcy dołączą od kwietnia 2026 roku.
To oznacza, że:
- Faktury od hurtowni nie będą już przychodzić mailem w formie PDF ani tradycyjną pocztą
- Będą dostępne wyłącznie w systemie KSeF
- Apteka musi mieć skonfigurowany dostęp do systemu, aby móc je pobrać i zaksięgować
Wystawianie faktur przez aptekę – od kwietnia z wyjątkami
Od 1 kwietnia 2026 roku apteki będą musiały wystawiać faktury B2B (na rzecz innych przedsiębiorców) wyłącznie przez KSeF. Dotyczy to przede wszystkim:
- Faktur dla firm (np. zakłady pracy kupujące leki)
- Faktur wystawianych dla podmiotów leczniczych
Rozliczenia z NFZ – szczepienia i refundacja
Dobre wieścią jest to, iż KSeF nie zmienia zasad rozliczania refundacji leków z NFZ. Standardowe rozliczenia refundacyjne pozostają bez zmian i nie przechodzą przez system e-faktur. W przypadku rozliczenia szczepień faktura będzie musiała zostać wystawiona przez KSeF, choć jak na razie nie wszystkie systemy informatyczne obsługujące rozliczenia są w pełni kompatybilne z KSeF. Najpewniej z początkiem lutego bieżącego roku zostaną włączone odpowiednie funkcjonalności.
- Czytaj również: Od 1 lutego 2026 kolejne sześć szczepień bezpłatnych w aptekach
Harmonogram wdrożenia KSeF – najważniejsze daty
- 1 lutego 2026 – obowiązek odbioru faktur z KSeF dla wszystkich podatników; obowiązek wystawiania faktur dla firm o sprzedaży powyżej 200 mln zł w 2024 roku
- 1 kwietnia 2026 – obowiązek wystawiania faktur dla pozostałych przedsiębiorców
- 31 grudnia 2026 – koniec okresu przejściowego
- 1 stycznia 2027 – pełne wdrożenie KSeF dla wszystkich
Podsumowanie
Wejście KSeF to znacząca zmiana, ale apteki mają czas na przygotowanie. Najważniejsze to:
- Do 1 lutego 2026 – zapewnić możliwość odbioru faktur od hurtowni
- Do 1 kwietnia 2026 – przygotować się do wystawiania faktur B2B przez system
- Pamiętać – faktury dla pacjentów pozostają poza obowiązkiem KSeF
- Szczepienia NFZ – faktury przez KSeF, brak pełnego wsparcia
Już teraz warto założyć konto w systemie, przetestować jego działanie i skonfigurować integrację z oprogramowaniem aptecznym. To pozwoli uniknąć chaosu w pierwszych dniach obowiązywania nowych przepisów.
Źródła:
- https://ksef.podatki.gov.pl/pytania-i-odpowiedzi-ksef-20/
- https://ksef.podatki.gov.pl/pliki-do-pobrania-ksef-20/
©MGR.FARM
